НИИ "Атолл" осуществляет работы по направлениям:
- фундаментальные и прикладные исследования по гидроакустике и сейсмике;
- выполнение опытно-конструкторских, проектных и технологических работ;
- разработка, изготовление образцов новых изделий специальной техники и их серийное производство;
- создание программно-аппаратных комплексов сбора, передачи и обработки гидрофизической информации.